Добрый вечер!
В Налоговом кодексе (ни в главе 25 "Налог на прибыль", ни в главе 26.2. "Упрощенная система налогообложения") прямо не установлено правила, что расходы учитываются, только если они понесены за счет средств, которые до этого были учтены в доходах. Более того, в НК РФ можно найти случаи, когда полученные суммы в доходах не учитываются, но осущественные на эти средства расходы признаются. Например, Вы получили деньги в счет оплаты доли в уставном капитале. В силу п. 3 ст. 251 НК РФ они не подлежат учету в составе доходов для целей налога на прибыль (и УСН так же). Однако приобретенные на эти средства производственные активы, товары Вы будете учитывать в расходах (в том числе и через механизм амортизации при ОРН).
На возможность учета расходов, осуществленных за счет средств, не учтенных в доходах, также указывается и Минфином России. Например, в Письме от 20.03.2012 N 03-03-06/1/142 рассмотрен вопрос, можно ли учесть расходы, произведенные за счет поступлений от учредителя, владеющего более 50 процентов долей (которые не являются доходом в силу пп. 11 ст. 251 НК РФ). и вот позиция финансистов:
"В соответствии со ст. 252 Кодекса налогоплательщик уменьшает полученные доходы на сумму произведенных расходов (за исключением расходов, указанных в ст. 270 Кодекса).
Статья 270 Кодекса не содержит положений, не позволяющих учесть в целях налогообложения прибыли расходы, осуществленные за счет средств, полученных на основании пп. 11 п. 1 ст. 251 Кодекса.
Таким образом, расходы налогоплательщика, произведенные за счет денежных средств, полученных от учредителя, доля которого в уставном капитале налогоплательщика составляет более 50 процентов, учитываются в уменьшение налоговой базы по налогу на прибыль организаций при условии соответствия расходов критериям, предусмотренным ст. 252 Кодекса".
В Письме Минфина от 09.06.2009 N 03-03-06/1/380 есть вывод (также в отношении средств, полученных по пп. 11 п. 1 ст. 251 НК РФ):
"В целях налогообложения прибыли безвозмездное получение дочерней организацией денежных средств от материнской организации и дальнейшее расходование средств на приобретение каких-либо активов следует рассматривать как две различные хозяйственные операции, имеющие самостоятельное регулирование соответствующими статьями гл. 25 "Налог на прибыль организаций" Кодекса.
После принятия к учету полученные безвозмездно денежные средства приобретают у организации-получателя статус собственных средств и, следовательно, их расходование в целях налогообложения прибыли также квалифицируется как расходование собственных средств налогоплательщика.
...
Исходя из изложенного, затраты организации на оплату текущих расходов, произведенные за счет денежных средств, полученных от учредителя, доля которого в уставном капитале получающей стороны составляет более чем 50 процентов, учитываются в уменьшение налоговой базы по налогу на прибыль организаций при условии соответствия расходов критериям, предусмотренным ст. 252 Кодекса".
Такой подход поддерживается и судами (см. Постановления ФАС Северо-Западного округа от 12.04.2007 по делу N А56-13199/2006; ФАС Московского округа от 12.03.2008 N КА-А40/1240-08; ФАС Волго-Вятского округа от 28.08.2006 по делу N А29-13543/2005а).
Думаю, что к Вашему случаю такая логика также применима. По договору займа полученные деньги перешли к Вам в собственность (п. 1 ст. 807 ГК РФ), ограничений по учету затрат, осуществленных за счет заемных средств, НК РФ (и в частности, ст. 270 НК РФ) не содержит. Поэтому Вы можете признать такие расходы при применении и ОРН, и УСН.
Удачи!